Arrêt maladie et congés payés : les nouvelles règles à connaître  

Pendant des décennies, le droit français appliquait une règle simple : un salarié en arrêt maladie non professionnelle n’acquérait pas de congés payés. La logique était claire – l’acquisition de congés suppose un travail effectif –, mais elle était en contradiction flagrante avec le droit européen. 

Trois arrêts rendus par la Cour de cassation le 13 septembre 2023 ont mis fin à cette anomalie, en reconnaissant explicitement le droit d’acquérir des congés payés pendant un arrêt maladie. Le législateur a suivi, avec la loi DDADUE (loi portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne, n°2024-364), entrée en vigueur le 24 avril 2024. 

Ce texte ne se contente pas de régler une question technique. Il redessine les obligations des employeurs, les droits des salariés et – point souvent sous-estimé – les contraintes opérationnelles des équipes paie, qui doivent désormais suivre des compteurs plus complexes, gérer des périodes de report et piloter une rétroactivité sur quinze ans. 

La loi aligne l’ensemble des arrêts de travail sur un même principe : toute période d’absence pour raison médicale ouvre droit à congés payés. Mais les modalités diffèrent selon l’origine de l’arrêt. 

Pour les accidents du travail et maladies professionnelles, la loi supprime la limite d’un an qui prévalait jusqu’alors. Un salarié absent deux ans pour maladie professionnelle acquiert donc 30 jours de congés par année de référence, soit exactement les 5 semaines légales. 

L’employeur dispose d’un mois suivant la reprise du salarié pour lui communiquer, par tout moyen traçable(bulletin de paie, lettre remise en mains propres…), le nombre exact de jours de congés acquis et la période pendant laquelle ils peuvent être pris. Cette obligation n’est pas une formalité secondaire : tant que l’information n’a pas été transmise, le délai de report de 15 mois ne court pas. 

Lorsqu’un salarié ne peut pas prendre ses congés acquis pendant son arrêt, la loi lui accorde un délai de report de 15 mois à compter de la date d’information par l’employeur (article L. 3141-19-1 du code du travail). Ce délai peut être allongé par accord d’entreprise ou de branche, mais jamais réduit. 

Un arrêt d’un an ou plus génère une règle spécifique : si le salarié est absent pendant toute la période d’acquisition (généralement du 1er juin N-1 au 31 mai N), le délai de report de 15 mois commence automatiquement à courir à la fin de cette période. À la reprise, il est suspendu jusqu’à la transmission de l’information par l’employeur, puis repart pour la durée restante. 

À l’issue des 15 mois, sans prise effective des congés, les droits sont définitivement perdus. 

Dans un arrêt du 21 janvier 2026, la Cour de cassation a apporté une précision importante : le plafond de 24 jours de congés acquis en arrêt maladie non professionnelle s’apprécie par période de référence, et non de façon globale. Un salarié absent deux années consécutives peut donc potentiellement accumuler jusqu’à 48 jours de congés, les compteurs se remettent à zéro à chaque nouvelle période. 

La loi du 22 avril 2024 a posé les fondements, mais le droit n’a pas attendu pour évoluer davantage. Deux revirements jurisprudentiels majeurs sont venus compléter ce cadre en 2025. 

Jusqu’au 10 septembre 2025, la jurisprudence française était ferme : si un salarié tombait malade pendant ses congés payés, ceux-ci étaient réputés pris. L’arrêt maladie ne donnait lieu à aucun report, car le congé était considéré comme la cause première de suspension du contrat. 

Cette position, contraire à la position de la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) depuis 2012, a conduit la Commission européenne à mettre en demeure la France le 18 juin 2025. La Cour de cassation a donc opéré un revirement dans son arrêt du 10 septembre 2025 (n°23-22/732). Désormais, un salarié qui tombe malade pendant ses congés et qui notifie son arrêt à son employeur a le droit de voir ses congés reportés. 

Le second arrêt du 10 septembre 2025 (n°23-14.455) concerne le seuil de déclenchement des heures supplémentaires. La Cour de cassation a décidé que, lorsque le temps de travail est décompté à la semaine, les jours de congés payés doivent être intégrés dans le calcul. Un salarié qui pose un jour de congé et effectue plus de 35 heures en cumulant heures travaillées et jours de congés peut prétendre aux majorations pour heures supplémentaires.  

Un arrêt du 7 janvier 2026 a étendu cette règle aux salariés dont le temps de travail est calculé sur deux semaines. 

La loi DDADUE prévoyait une rétroactivité au 1er décembre 2009 pour les arrêts maladie non professionnelle. Les salariés encore en poste au 24 avril 2024 avaient jusqu’au 23 avril 2026 pour formuler une demande de régularisation auprès de leur employeur. Ce délai est désormais écoulé. 

Pour les salariés dont le contrat a été rompu, la prescription triennale classique s’applique à compter de la date de rupture du contrat. Pour les arrêts postérieurs au 24 avril 2024, les nouvelles règles s’appliquent de plein droit, sans démarche particulière du salarié. 

Deux catégories de situations restent donc à surveiller en 2026 : les éventuels contentieux prud’homaux liés à la période transitoire, et les situations où l’information du salarié à sa reprise n’a pas encore été formellement transmise, avec, dans ce cas de figure, un délai de report toujours suspendu. 

Dans le BTP, la gestion des congés payés est assurée par les caisses CIBTP (Caisses de Congés Intempéries Bâtiment Travaux Publics), qui prennent en charge le calcul des droits et le versement des indemnités. La période de référence court du 1er avril de l’année N-1 au 31 mars de l’année N, à la différence du régime général. Les salariés conservent leurs droits acquis en changeant d’employeur, à condition de rester dans le secteur. 

La convention collective nationale de la métallurgie (articles 83 et 84) maintient l’acquisition de 2,5 jours ouvrables par mois quelle que soit l’origine de l’arrêt. Elle plafonne, en revanche, la prise en compte des périodes d’absence selon l’ancienneté du salarié : 

• 2 mois d’absence pris en compte pour 1 an d’ancienneté
• 4 mois pour 5 ans d’ancienneté 
• 6 mois pour 10 ans d’ancienneté 
• 8 mois pour 20 ans d’ancienneté 

Dès lors qu’une convention collective prévoit des dispositions plus favorables que le Code du travail, c’est elle qui s’applique. Les équipes paie doivent s’assurer que leurs outils intègrent ces spécificités, notamment lors des calculs de clôture. 

Au-delà du cadre juridique, ces évolutions représentent une charge opérationnelle réelle. Trois chantiers méritent une attention particulière : 

Les nouvelles règles multiplient les cas particuliers : arrêts courts versus longs, origine professionnelle ou non, conventions collectives dérogatoires, report conditionné à l’information du salarié… Dans ce contexte, la saisie manuelle des droits à congés devient un facteur de risque élevé. Un outil de paie qui intègre nativement ces règles, y compris les plafonds par période de référence et les conventions collectives sectorielles, réduit mécaniquement l’exposition à l’erreur. 

L’obligation d’informer le salarié dans le mois suivant sa reprise n’est pas une simple formalité administrative : elle conditionne le départ du délai de report. Sans notification formelle, l’employeur s’expose à des droits qui restent ouverts indéfiniment. Ce processus doit être documenté, traçable et systématique, intégré au workflow de retour d’arrêt, au même titre que la transmission de l’attestation de salaire à la Sécurité sociale. 

Les arrêts longs, combinés à une information tardive à la reprise, peuvent générer des compteurs de congés plus élevés qu’anticipé, notamment depuis l’arrêt du 21 janvier 2026 qui clarifie le caractère annuel du plafond de 24 jours. Il est utile de modéliser ces situations en amont, notamment pour les collaborateurs en arrêt depuis plusieurs périodes de référence consécutives. 

Ces évolutions successives – législatives d’abord, jurisprudentielles ensuite – dessinent un droit des congés payés en mouvement permanent. Pour les équipes paie et RH, la vigilance ne se limite plus à la bonne application d’un texte. Elle suppose désormais un suivi continu des décisions de justice, une mise à jour régulière des process internes et des outils capables d’absorber ces changements sans friction. 

Un salarié en arrêt maladie peut-il perdre ses congés acquis ? 

Oui, si le délai de report de 15 mois court et expire sans que le salarié n’ait posé ses congés. En revanche, si l’employeur n’a pas informé le salarié de ses droits à sa reprise, le délai reste suspendu et les congés ne peuvent pas être perdus pour cette raison. 

La rétroactivité est-elle encore applicable en 2026 ? 

Le délai de forclusion de deux ans pour les salariés encore en poste est arrivé à échéance le 23 avril 2026. Les nouvelles demandes au titre des arrêts antérieurs à avril 2024 ne sont donc plus recevables pour ces salariés. Des contentieux prud’homaux restent possibles pour ceux dont la situation était déjà engagée avant cette date, ou pour les anciens salariés (prescription triennale à partir de la rupture du contrat). 

Que se passe-t-il si un salarié tombe malade pendant ses vacances ? 

Depuis l’arrêt du 10 septembre 2025, le salarié a le droit de voir ses congés reportés, à condition d’avoir notifié son arrêt maladie à son employeur (délai de 48 heures recommandé). Les jours coïncidant avec l’arrêt sont recrédités dans les compteurs et pris à une date ultérieure. 

Les conventions collectives plus favorables restent-elles prioritaires ? 

Oui. Dès lors qu’une convention collective prévoit des dispositions plus avantageuses pour le salarié (taux d’acquisition plus élevé, plafonds plus généreux, durée de report supérieure…), elle prévaut sur le Code du travail. Le principe de faveur reste la règle en droit social. 

Les primes et avantages en nature entrent-ils dans le calcul de l’indemnité de congés ? 

Le calcul de l’indemnité de congés payés retient la méthode la plus favorable au salarié entre la règle du dixième (1/10e de la rémunération brute totale de la période de référence) et le maintien de salaire. Pour les arrêts non professionnels, la rémunération est prise en compte à hauteur de 80 % dans la règle du dixième. Les éléments de rémunération variables (primes, indemnités) sont inclus dans l’assiette de calcul.